Dentro de seu Bitrix24, acesse o menu CRM. 

Acessando qualquer um dos cards de Lead, Negócio, Contato ou Empresa, você chegará na aba do aplicativo API WhatsApp Integration.

Clicando nesta aba aparecerá a tela do aplicativo, onde é feito o envio de mensagens.  

Nesta mesma tela, é possível definir o número de origem (caso você tenha mais de um número cadastrado). Você deve informar o número de destino da mensagem ou selecionar a opção que o próprio aplicativo já busca como sugestão de número do contato. 

Abaixo, está o campo para escrever a mensagem. 

Preencha todos os campos, clique em Enviar e a mensagem será enviada instantaneamente.